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大水，书院亦被灾，知州吴炜移建于东门里路北(今东平一中校址)。修筑讲堂9间，斋舍28间，办公室6间，同治二年(1863)修试院(考棚)于院东，建堂室24间，号舍30间。光绪三十年(1904)改为高等小学堂。
中庸书院位于山东邹平。又名子思书院。元元贞元年(1295)知县尹居敬建于传为子思、孟子传道之讲堂遗址，初名中庸精舍，设子思、孟子像，春秋祭祀。大德六年(1302)经奏请改为中庸书院。延祐二年(1315)诏改为子思书院。明代又改为中庸书院。永乐、嘉靖、万历间曾多次修葺。天启二年(1622)被毁，3年后由兖州孙朝肃修复；清乾隆二十年(1755)再修。
东山书院位于山东平邑。元皇庆二年(1313)邑人康辅之等创办。初为义学，以后其子孙兴建讲堂、斋舍，改称书院。清康熙四年(1665)郭选等人移建于该县东山(蒙山)之麓(今柏林村东南)，有瓦房6间，草房12间，祭田28.6亩。四十八年至雍正七年(1729)郭选之孙拔贡郭翅楚等人又募捐重修。雍正八年大学士陈士馆亲题“东山书院”四字，并立碑于遇圣桥旁。清末，因年久失修，房屋全部倒塌，遗址仅存断垣残壁。
性善书院位于山东滕州。元延祐元年(1314)御史任居敬改建。时朝廷赐额“性善”，故名性善书院。后毁于兵乱。明弘治十年(1497)知县马文盛重建。清光绪元年(1875)知县洪用舟又重建，四进院落，以讲堂为主体，两翼各修18间考棚。清光绪二十八年(1902)改为高等小学堂。
闵子书院位于山东济南。建于元代天历间，为济南创建最早的书院。以孔子弟子闵子骞德行与颜回并称，又因书院建于闵子墓旁，故名。明学者刘敕曾任山长。闵子墓现在今济南百花公园一侧。
一贯书院位于山东郯城。又名曾子书院、琴声书院、宗圣书院。相传春秋时期，曾子游学时曾在此居住，讲学授徒，后人建有曾子祠。元至正二年(1342)提举管文通倡议兴建书院，朝廷颁“曾子书院”额。院中有一巨石，敲之如琴声，故又名琴声书院，明代改名宗圣书院。祭祀曾子，并教授生徒，备有多种乐器、祭具和经书。嘉靖二十年(1544)又改名一贯书院，后在地震中倒塌。清乾隆十五年(1750)知县李湖出资修复。书院有院董事会，其成员由县中硕儒组成。山长由县官、士绅延聘，设首士1人，负责办理生员生活事务；学长1人(在生员中选拔)，办理生员有关学习事宜。重大之事须由院董事会决断。生员一般分为两类：一是经童试合格的或相当于童生程度的生员，长年住院攻读经史，以备应考，称“生童常课”；二是附学生员，每月来院听讲数次，送诗、文、词、赋数篇，送请批改，准备乡试应考，称“文生月课”。光绪二十八年(1902)改为县立高等小学堂。
洙泗书院位于山东曲阜。又名洙泗讲学书院。因地处孔林东北、泗河以南、古洙水以北，故名。元至正十年(1350)建，另一说为元(后)至元四年(1338)建。设山长。明正德二年(1507)改山长为学录，主持春秋仲丁祭祀。嘉靖二午(1524)官方扩建石坊，清康熙十三年(1674)及二十八年先后整修，五十三年书院毁于雹灾，次年官方拨款修复。雍正十二年(1734)书院奉祀官孔宪备改立“洙泗书院”石碑一座。
思圣书院位于山东平邑。元至正十三年(1353)由当地隐士王谦、常好古、李秉忠及王致敬等集资创建。据传春秋时孔子周游列国途经东阳，曾在此地一小店投宿。后人将小店修为夫子庙，名为思圣庙。王谦等在庙址筑墙一周，建讲堂3间，东西厢房各3间。门额题曰“思圣书院”，乃循思念孔子之意。后渐毁。
伏生书院位于山东邹平。又名墓祠旁讲堂。元至正十五年(1355)知县陈埜先建，以纪念济南学者、西汉今文《尚书》之最早传授者伏生。清顺治十五年(1658)重建。后废。
公冶长书院位于山东安丘西南城顶山。公冶长，姓公冶，字子长，生于春秋末期。《史记》载为齐人，《论语》云鲁人。自幼俭朴好学，攻读诗书锲而不舍，为人称道。为孔子弟子，七十二贤之一，名列二十。博通书礼，德才兼备，终生治学不仕禄。相传通鸟语，并因此无辜获罪。孔子曰：“(公冶长)虽在缧绁之中，非其罪也”。并且“以其女妻之”。公冶长书院相传为公冶长隐居读书、授徒之所。此院“环房皆山，裂石出泉，树稳风不鸣，泉安流不响”，确系幽静读书之所。据记载，公冶长书院在明清两代曾得到三度重建和维修，最后毁于1943年。今日堂宇为1989年重建。院中有银杏树两株，黛色参天。院中有明清碑碣4通：一通为明万历三十五年春立，一通为清康熙十五年秋立，一通为清道光九年六月立，一通为清道光二十九年七月立。每逢阴历四月初八，为书院庙会，附近乡民云集在此，交易物资，游览山色，凭吊古人，热闹非凡。
醇儒书院位于山东德州。初名董子书院。据清雍正《山东通志》载：“董子书院，在儒学东，旧废。明正统间知州韦景元掘地得董子读书台石刻，询其故址复焉。弘治十二年(1499)巡抚熊翀鼎新之，万历四十三年(1615)知州马明端改建于河东浒，易其名曰醇儒书院。”清康熙间再次重修，改名柳湖书院，又名繁露台。乾隆二十一年(1756)高宗弘历南巡李秉衡简介，驻跸德州，为繁露台题诗曰：“天下三策对贤良，已见春秋大义彰，那更高台演繁露，转思董子失之详。”道光五年(1825)改为义学，光绪末年又改为董子台初等小学堂。
东莱书院位于山东莱州。明景泰五年(1454)建。正德七年(1512)迁至莱州府学东，前为讲堂，后为祠堂，左右有厢，前临通衢，树石坊书“东莱书院”，万历八年(1580)诏毁天下书院，改为吕先生祠，祀宋儒吕祖谦。明万历二十九年(1601)知府龙文明修一新坊，题“东莱吕先生书院”。康熙十三年(1674)、五十年又两次重修。
至道书院位于山东济南。明嘉靖(1522-1565)间学使邹善在大明朝改湖南书院而建。万历间改为提学道署。清光绪三十年(1904)改为山东客籍高等学堂。
清源书院位于山东临清。明嘉靖十一年(1532)副使齐之鸾改守府为书院。清乾隆二十年(1755)再修，四十一年增修。
瀛洲书院位于山东蓬莱。又名莲洲书院。明嘉靖二十八年(1549)登州(今蓬莱)知府周嶅建于君子洲。清康熙五十一年(1712)知州李元龙增建堂庑，命名莲洲书院，乾隆十六年(1751)知府张勤望重修，改名瀛洲书院。道光八年(1828)、光绪四年(1878)曾两次增建。
云门书院位于山东平阴。明万历元年(1573)参政孙琉捐建，初名兴文馆。生徒分为两类：一类是已进学的生员，为应乡试定期到书院听讲并送文章修改；一类是住院童生，在书院候试。学习“四书”、“五经”，研讨诸子百家，习作八股文。以自学为主，辅以讲论、课试。
陶山书院位于山东陶馆(今属冠县)。明正统七年(1442)建于城隍庙东。后废。清康熙四十四年(1705)知县陈冕重建。后改为训导署。
河滨书院位于山东龙口。明嘉靖二十二年(1543)知县贾璋建。时绛水河流经域东，书院在河两岸，故名。明、清之际废为慧灯庵。
泮东书院位于山东莱阳。明嘉靖三十四年(1555)知县牛山木建于文庙东。万历初停办，改为教谕廨。万历二十九年(1601)复建书院于学署西。
道乐书院位于山东蓬莱。明嘉靖三十九年(1560)知府卢宣建于察院东。万历四十一年(1613)推官白储玿更名大东书院。
重华书院位于山东荷泽。明万历二十四年(1596)兵备使李天植创建于城内，初名重华祠，后名重华书院。清乾隆十九年(1754)易名爱莲书院。四十八年复名“重华”。以课士为主，每月初为府课，十二为县课，廿二为斋课。冬夏二季停课。有学田936亩。光绪二十九年(1903)改为曹州小学堂。
崇仁书院位于山东德州。明万历二十六年(1598)建。德州知州在该院讲学。清末改为龙神庙初等小学堂。
历山书院位于山东济南。明万历四十二年(1614)巡盐御史毕懋康创建于趵突泉东。为当时济南最大书院。院内有轩室廊庑，亭台楼阁，绿柳翠竹，金线、柳絮等名泉，错落散布。“六郡士子负笈求读者百余人，文风盛及一时。”天启间沦为邮亭。清顺治十一年(1654)布政使张缙彦重修书院，并新建白雪楼5楹，以祠李攀龙。李攀龙为明文坛“后七子”领袖，著有《沧溟集》，对当时诗歌创作有较大影响，曾建白雪楼读书其中。故改名白雪书院。康熙帝东巡济南，赐“学宗诛泗”匾额。康熙二十五年(1686)巡抚张鹏重修，复名历山书院。三十九年学政徐炯选拔六郡士子120人到院学习，并捐赠图书数千卷，学风大盛，后渐衰落。道光元年(1821)布政使程祖洛改为义学，光绪年间废。现为济南趵突泉公园一角，金线、柳絮等名泉尚在，成为公园风景名胜之一。
文山书院位于山东文登。又名崇文书院。明天启(1621-1627)间知县解其衷建。清康熙间知县朱应文重修，并捐地260亩，松岗一区，房20楹。乾隆四十年(1775)重修。邑绅捐地256亩，收租以供经费。光绪二十八年(1903)改为小学堂。
麓台书院位于山东潍坊。又名公孙弘书院。明尚书刘应节出资建。清代韩梦周罢官归里讲学于此达20余年。其治学主张：“以存养为根本，省察为修治，穷理为门户，笃守程朱之学。”韩著有《理世文集》、《诗集》、《阴符经注》等书。
槐荫书院位于山东淄博。明代建于董永庙内。该庙殿阁罗列，规模壮观。占地面积1.6万平方米，分三大院落。中有董永殿、天仙阁、关帝殿、佛爷殿；东院有玉皇殿、十殿阎罗殿、碧霞元君宫；西院为书院所在。万历间韩萃善、刘一相、曲迁乔、韩取善四进士曾在此讲学。二十五年(1597)钦差分守济南道古参政汪应蛟，立四贤讲习所碑，四进士又各赋诗一首勒于碑石，称为诗碑(二碑石现存于淄博市博物馆)。清代颇为地方人士所重。清末属于乡学，来学者颇多。设有董事会，由附近24庄各推荐董事1人组成，负责庙产、庙会、办学等事宜。庙产共240亩，书院开支主要靠庙产地租解决。1912年改为小学。
闻韶书院位于山东济阳。原有闻韶台，高34米，广方133米，相传为孔子闻《韶》乐之地。明洪武间教谕王省建大成殿于其上。清道光四年(1824)济阳知县李若琳重建。光绪二十九年(1903)改为小学堂。
东鲁书院位于山东兖州。俗称东书院。初名文在书院，后易名景贤书院，又改为少陵书院，再改为东鲁书院。清康熙二十二年(1683)知府张鹏翮创建。乾隆九年(1744)知府鄂敏拨汶上南旺湖地90亩，年收租银400两作为该院经费，不久又扩修，增置诸生房舍50间，院墙数百丈。在此书院肄业生童，以滋阳县籍居多。咸丰十年(1860)后书院几废。同治间经整顿始中兴。
注经书院位于山东平邑。清康熙二十八年(1689)由廩生阎丕茂建。乾隆五十三年(1788)廪生阎中宽重修。书院因近蒙山南麓注经台而得名。
崔公书院位于山东桓台。清康熙二十八年(1689)知县崔懋(奉天辽阳人)创建。设讲义堂3楹，为诵读之所，旁设西厢各3楹，为塾师止息之处。并置田28.3亩，以其租息为看守香火之费。旋废。五十一年知县李宏中复立，“捐俸并邑中质成官田以为修廪”，计有地170亩。“规模略备，薪饩有资，厥功伟矣”。后经数十年，房屋破旧倒塌，费用入不敷出，书院败落。乾隆十八年(1753)知县张若本在旧址建关帝庙，其西建崔公祠，祠后复建崔公书院。书院分经、蒙两馆，并增置经馆地60亩，水荒地302.5亩，蒙馆地52亩，水地137亩。嘉庆九年(1804)知县赵彭箴(陕西泾阳人)拨入经馆水草地44亩，十年又拨入经馆水草地400亩，蒙馆地140亩。十三年知县吉士瑛(江苏丹阳人)重修。光绪二十九年(1903)改为官立高等小学堂。
海山书院位于山东蓬莱。清康熙十年(1691)海防道丁蕙建于府治南。知府严有禧重修。乾隆三年(1738)改为遗爱祠，仍设社学于内。
般阳书院位于山东淄博。清康熙三十一年(1692)知县周统建于明伦常西射圃旧址(今淄川区 ... 前院)。初有讲堂3间，东西舍各3间。乾隆十四年(1749)、二十三年又增建东西舍各14间，延师教授，肄业生没有定额。二十九年赵王槐等人捐银，乃定正课生11人，附课生8人。后改4生8童、附课32人。数年后，又在西华门外买民房一所。光绪十六年(1890)知县王延骏又建考棚数间，由此，书院又成为淄川童子试场。三十年(1904)改为淄川高等小学堂。
阳丘书院位于山东章丘。清康熙三十一年(1692)知县戴瑞建。置学田237亩作为书院经费。乾隆十九年(1754)知县张万青重修。始命名阳丘书院。道光七年(1827)再修。
先觉书院位于山东莘县。清康熙五十五年(1716)知县刘萧建于仁圣庙西。同治八年(1869)知县陈代卿移建于鼓楼南街。光绪十三年(1887)更定书院经费章程，二十九年改为小学堂。
北海书院位于山东蓬莱。清康熙五十六年(1717)按察使黄炳建于府治西。雍正十二年(1734)知府严有禧重修，又置膳田百亩，供士子膏火，拔7州县士子读书于内。自咸丰九年(1839)始每年道府县各轮课3次，每课录取童生40名，给膏火银24两，由平度等6州县书院地租解府银内支销。位于山东寿光。清同治六年(1867)知县吴树声捐资创建于城东门内关帝庙西。“会讲有堂，两翼有厢，燕居有房，诵习有室，埘溷有所，科岁试有东西号舍，长桌凳胥具。”经费来源有二：一是地租；一是商船捐款。有绅士硕儒组成的学董会，“择贤达士为掌院”，任教学师除本县儒学署教谕外，另延请县内外举人担任。学生分为两类：一是为参加乡试，定期到院听讲和送批文章的生员；一是为经县童试合格住院攻读的学生。
蒿庵书院位于山东济南。清康熙五十七年(1718)按察使黄柄就按察使司旧址建，初私振英。乾隆四十一年(1776)按察使陆曜重修，改名蒿庵书院。蒿庵是明末济南学者张尔岐的别号，清军入关后，隐居不仕，专究经书，陆曜慕其为人，故改名。道光二年(1822)按察使程含章再修，又改名景贤书院。陈大儒曾任主讲，认真教授，士子科举及第者颇多。光绪二十七年(1901)改东运中学堂。现为山东省济南第一中学。
阳平书院位于山东聊城。清康熙五十八年(1719)知府杨文乾建于府学东。乾隆二十五年(1760)其地改为万寿宫，书院迁至司马街。清末废。
泺源书院位于山东济南。清雍正十一年(1733)山东巡抚岳濬奉“省会之地仍各建书院，以作育人才”御旨，并得银千两将都指挥使司旧址改建而成。乾隆六年(1741)巡抚朱定元倡捐修葺。十三年巡抚准太经理该院，制定《训课条规》，提出“为学莫先于立志，为学莫要于寡欲，为学当敦实行，为学当秉虚衷，为学当勤讲读，为学当慎交”等要求。学者沈起元、翰林院编修匡源，曾在院讲学。嘉庆九年(1804)巡抚铁保、道光八年(1828)巡抚琦善先后共得捐白银15200两，又经铁保及二十一年(1841)巡抚托浑布、光绪二十二年(1896)巡抚李秉衡3次重修，经费充裕，藏书丰富，斋舍宽敞，成为清代山东规模最大之书院。后巡抚袁世凯奏准改为山东高等大学堂。
敬业书院位于山东惠民。清乾隆三年(1738)知县姚兴滇建于城内双忠祠西。道光七年(1827)、十三年、咸丰七年(1857)3次增修。光绪二十九年(1903)改为武定府官立中学堂。
天台书院位于山东平邑。清乾隆九年(1744)本村庠生孙天民捐款创立于武台以北孙家楼村。后文人夏之涟重修。
宾阳书院位于山东福山(今属烟台)。清乾隆十一年(1746)知县李经邦建。集全县应考童生、生员读书其中，延师辅导。咸丰七年(1857)增修房舍数十间，以作县试童生考场。光绪三十一年(1905)改为官立北关小学堂。
繁露书院位于山东德州。清乾隆十六年(1751)建于城内古关帝庙西。斋舍宽敞，一度兴盛。咸丰间，因战乱濒于荒废。后又多次重修，宣统初年(1909)改为师范传习所。
卢乡书院位于山东莱阳。清乾隆十七年(1752)知县郝大伦建于文昌阁西。道光二十六年(1846)知县张涵就宋荔琬裳故宅另行改建。同治间重修并添置桌凳。光绪十一年(1885)知县陈庆成又捐款发棠李秉衡简介，并拨荒地年租归书院，按月课试。翌年，知县傅锟又筹集经费予以充实，延请山长教授生员并按月课试。光绪三十一年(1905)后改为莱阳官立高等小学堂师范讲习所。
同文书院位于山东寿光。清乾隆十八年(1753)知县王椿创建于仓颉墓南。就仓颉墓亭处建中厅3楹，修复禅刹西屋4楹，捐俸购置学田，作为办学经费，并手订《书院大学规条》及《读书程》。后废。咸丰二年(1852)知县殷树嘉捐款修复。八年知县傅岩捐俸延师，并募款购置义地，充书院经费，择优奖励士子。
长乐书院位于山东高青。清乾隆二十二年(1757)知县张耀璧建于城北门外，有房19间，大厅为丽泽堂，并有学田70亩。道光七年(1827)知县何济舟捐俸改建于县署之东。光绪三十一年(1905)改为高苑高等小学堂。
琅邪书院位于山东临沂。城内洗砚池北有晋王羲之故宅。清乾隆二十四年(1759)沂州知府李希贤倡议创办，与府学、考棚相配合，成为当时沂州府培育和挑选人才的地方。每逢月课请地方官或名士讲儒家经学、程朱理学和治世之学，历任知府李希贤、熊遇泰、衣永春等常来讲学课士，主讲人有滨州游百川等；清末则常请维新人物讲中外地理、历史知识及救国之道。光绪二十七、八年间改为沂郡校士馆，注重西学及政治改良。有藏书6200册，有学田(包括府学)797亩，所收租金全部充当生息，称“琅邪学款”，每年支出有余。二十九年(1903)改设兰山(临沂)县立第一高等小学堂。
潍阳书院位于山东潍坊。清乾隆十四年(1759)创建。有厅屋楼房29间。知县韩光德捐俸银300两，邑人郭伟业等捐银1100两，盐当商人捐银1000两，铺户捐银600两，共计银3000两，用作掌教修金、生徒膏火及纸张偿补等资。道光十二年(1832)重修。戊戌变法后改为校士分馆，后成为官立小学堂。
城阳书院位于山东莒县。清乾隆三十一年(1768)知州欧阳璐将东门里义学改为学院，后因年久失修而停办。道光二十年(1840)知州李书翘在解元坊以西重建。光绪十三年(1887)又扩建考棚。院落整齐，丹漆彩绘，十分壮观。岁考时可容纳1000余人应试。既为培养士子之地，又是举行童试的场所。十九年改为小学堂。
泗源书院位于山东泗水。清乾隆三十八年(1773)知县福明建于县署东路北。咸丰八年(1858)知县王亮彩、光绪二年(1876)知县张联奎先后重修。经费来源有学田187亩、官府拨款及绅士捐资等。光绪二十九年(1903)改为小学堂。
启文书院位于山东聊城。清乾隆三十九年(1774)知府胡德林建。五十七年重修。内有照厅3间、间房2间、讲堂3间、东西庑各3间、正房5间，新建西厢3间、文昌阁5间、东西对楼各3间，后有平房5间，西院有南北斋各3间，旁列回廊，后院有书室6间。光绪十年(1884)再修。二十九年改为东昌府官立中学堂。原址现为聊城市实验小学的一部分。
乐育书院位于山东乐安(今属广饶)。清乾隆四十一年(1778)知县李卿云捐俸千两，曹继光、房志圣献地创建于县公署西南。同治四至七年知县彭家寅重修。光绪十九年(1893)知县曾启埙扩大规模，重建于西门大街路北，临街立影壁一座，建东西两栅门，门额镌刻“腾蛟”、“起凤”四字。正厅3间为讲堂，两厢号舍26间，岁科考试则为考场，故又名考院。光绪二十八年(1902)改为校士分馆，光绪三十一年(1905)改为官立高等小学堂。
霞山书院位于山东栖霞。清乾隆四十八年(1783)知县钟凤腾建于城西北。道光十四年(1834)知县严保庸移建于城内。二十六年知县方传植在县城南门里重建，西为校试月课之所，东为书院生童肄业之地。每月课考1次，择优取生员超等4名，特等4名；童生上取3名，中取4名，予以奖励。书院经费靠学田300亩收入支付，不足由募捐补给。
岱麓书院位于山东泰安。清乾隆五十七年(1792)泰安知府徐大榕就城内岱庙东偏冥福寺故址(今泰安师范学校内)创修。购灌庄漕河崖地37.45亩，招佃耕种，田租作为书院费用。后以经费不足而停办。道光七年(1827)泰安知县馀宗干捐银1000两，督学龚守正、按察使李文耕、济东泰武临道恩特亨额、泰安府杨惠元、济宁州杨嗣曾、新太县夏建谟、莱芜县游昌灼又各捐资以及济南公馆变价共得银3400两，以存当生息为束修、膏火之用，书院遂复。徐宗干并亲为定条规：每月初二、十六两课，每课生员分超、特等，童生分上、次卷，名列前茅者给予奖励。聘请名儒为山长。光绪三十年(1904)改为泰安府官立中学堂。
济南书院位于山东济南。清乾隆五十九年(1794)布政使江世兰置湖田数十亩兴建寿佛楼，又名江园。嘉庆九年(1804)巡抚铁保改寿佛楼为济南书院。道光九年(1829)布政使钟祥、知府吴振棫重修。同治八年(1869)知府黄大鹤、十三年梅启熙再修。光绪二十九年(1903)改为济南府官立中学堂。
营陵书院位于山东昌乐。清嘉庆二年(1797)知县魏礼焯建。有讲堂5楹，东西学舍各10间，大门1间、中门1间、厨房1间，垣墙周围30多米，后相继增修。科岁县试取文童15名，光绪三十年(1904)停止；取武童15名，光绪二十年(1894)止；廪膳生、增广生各20名。
绣江书院位于山东章丘。清嘉庆七年(1802)当地士绅捐资公建。道光二十六年(1846)县令玉简重修扩建。生徒分两类：一是经县学、府学考录的生员，只是定期送交课卷批改，称“附学生员”；一是经县学考试台格的童生，或学有相当程度入院专攻经史的生员。课程除“四书”、“五经”外，还有《学政全书》、《天章炯戒》、《圣谕广训》、《性理精义》及《诗文析中》，另有专供揣摩仿写的《历科闱墨》等。光绪以后，考校课卷已成为主要课程。光绪二十九年(1903)改为县立高等小学堂。
胸阳书院位于山东临朐。清嘉庆十二年(1807)知县黄思彦倡建。咸丰元年(1851)、同治十年(1871)两次修葺。光绪八年(1882)拓院东废圃建房5楹为讲舍，南为议事厅，西有小舍，规模略备。
成山书院位于山东荣城。清嘉庆十四年(1809)建。光绪十五年(1889)重修。设山长，每月课试，名列前茅者给予奖励。考试以八股、试帖为主，间涉经史词章。二十九年改为官立高等小学堂。
崇文书院位于山东费县。清嘉庆二十五年(1820)知县胡世琦创办。同治七年(1868)议定《书院章程》，并立石为记。宣统二年(1910)改为费县师范学校。
土乡书院位于山东龙口。清道光元年(1821)黄县(今龙口)知县冯赓飏建。同治十年(1871)知县尹继美扩建堂舍，并取东郊之地租补助书院经费。
鸾翔书院位于山东肥城。清道光二年(1822)知县刘宇昌建于县署西大街路西。经费多为知县及当时名流士绅捐俸集资。有讲堂及其他房屋共22楹。道光二十九年(1849)知县梁康辰、训导张运长等集资在院内修考棚2座为县试考场。光绪三十年(1904)改为高等小学堂。
观海书院位于山东诸城。清道光八年(1828)知县刘光斗创建。逢初一、十五集士子讲授。同治十三年(1874)七月修。光绪四年(1878)二月扩大地基，增修瓦舍26间为考棚，并添盖房舍作士子居所。十年(1884)十月又重修。
崇新书院位于山东桓台。清道光十三年(1833)知县李振先(安徽太湖人)提议另建书院，监生王宸海，文童王宸淑、王宸浩、王宸源等自愿捐出县署西园地3.33亩，于当年十月兴建。建有讲堂、头门、书院门、厨房共16间，围以高墙，共用银1500两。光绪三十二年(1906)改为师范传习所。
学海书院位于山东龙口。清道光十六年(1836)知县邓肇嘉劝捐创建于城东文昌阁。后因经费不足告废。光绪四年(1878)恢复月课。置田586亩，及玉皇顶山岗一处。制定《书院经费章程》，将院银1000两发当生息，以备月课奖赏、膏火之用。
奎峰书院位于山东日照。清道光十八年(1838)知县周瑞图等人倡议创办于城内太平桥南。后又扩建考棚，可容纳应试童生500人。有学田156亩。光绪三十年(1904)改为日照县立高等小学堂。
凤鸣书院位于山东昌邑。清道光二十七年(1847)知县刘杨庭、典史姜熙等128人，捐钱21507缗，以该县原诂经书院改建而成。院舍112间，置学田174.255亩，历年集资11000缗，其租金、利息作为书院经费。
汶源书院位于山东莱芜。清道光间莱芜知县纪淦在文庙创建。主讲潘绍烈曾任翰林院庶吉士。就读学生除生员每月定期来院听讲和批改文章外，还有经童试合格或有相当程度的学生，常年住院读终史。书院盛时学生达600-700人，“人文蔚起，甲于他县”。光绪三十年(1904)改为官立高等小学堂。
三台书院位于山东惠民。清咸丰三年(1853)知县余棨建于城内凤凰台北。光绪二十九年(1903)改为小学堂。
怀德书院位于山东新泰。清咸丰三年(1853)泰安通判许莲君捐俸银并劝所属官吏及26地方商民捐资在楼德镇创建。购置田宅，选公正士绅管理，招生范围以泰府所辖26地方区域为限。延请名师，一时称盛。后因时局动乱，捐银移交官府管理，日渐衰败。光绪十五年(1889)张勤果巡抚山东，饬县另派绅董管理，从而复兴。三十一年(1905)二月改为楼德高等小学堂。
明志书院位于山东沂水。清咸丰七年(1857)知县吴树生建。主讲人有临沂李熙春等。光绪二十九年(1903)改为小学堂。
州卫书院位于山东德州。清咸丰八年(1858)德州知州与卫守备共同建立。院址宽阔，斋舍整齐。初因兵乱，德州数处书院藏书集中于此；后几经变乱，藏书亦全部散佚。光绪三十年(1904)改为高等小学堂。
雁泉书院位于山东平阴。又名白雁义学。为白雁、广泉等21村合资公办。建院年代不详。清咸丰十年(1860)知县规定附近秋集税收归书院，以助膏火。光绪间知县又规定石碑子大集的粮食交易及买卖牛羊的税收交书院，作书院经费。
嵩青书院位于山东高青。清同治三年(1864)乡绅范春农、李新谱用咸丰间训练乡勇之余款倡修于城东南昭文门内。五年因经费不足停办。光绪三十一年(1905)在其旧址成立青城高等小学堂。
广德书院位于山东青州。清同治五年(1866)英国基督教浸礼会在伙巷街初创小学，为益都(今青州)最早之新式学堂。光绪二年(1876)英国传教士李提摩太扩大规模。十年库寿令募捐在东华门街购置地基，新建校舍，开设中学班，二十三年开设大学班。先后开办了7班。毕业生有白玉璋、宋传典等26名；另有40名学生修满7年课程后，未授予毕业证书。初设课程有圣经、旧约、福音书和中国经学。光绪末年，主要课程有“四书”、“五经”、国文、中西历史、舆地、算术、几何、三角、微积分、格致、体操等。英文为选修课。十年(1904)广德书院大学班与登州会文馆合并，迁往潍县，改名广文大学，为山东基督教共合大学的前身之一。
平阳书院位于山东新泰。清同治九年(1870)知县李溱倡捐钱万串，以岙山书院旧址(今新泰一中)改建。光绪初年，招收生徒，研经习文，每月3次(初二、十二、廿二)授课，称盛一时。光绪三十年(1904)改为新泰官立高等小学堂。
罗峰书院位于山东招远。清同治十年(1871)知县赵敏功建于县城北门里，翌年春，知县赵国珍主持建成。设山长1人，除讲学外还总管院内事务。光绪二十九年(1903)改为官立高等小学堂和师范讲习所。
淦水书院位于山东淄博。清同治间在原淦水义学基址上建。有讲堂、斋舍20余间，学田24亩，设有书院董事会及山长。听讲学生多为已入学的员生，每5天授课1次，课后由教师命题让学生习作，为参加科举考试作准备。光绪三十年(1904)停办。
东津书院位于山东利津。清光绪元年(1875)建于后西街。后县学亦迁入书院。光绪二十九年(1903)改为东津小学堂。
培真书院位于山东青州。清光绪七年(1881)英国浸礼会牧师怀恩光创办。最初租用民房办圣道学堂。十三年增设师范学堂，培养初级学堂教习(即小学教师)。十九年在东华门街新建校舍，取名罗宾逊神道书院，旋又改名郭罗培真书院。分两馆：上馆(亦称正馆)为神科，下馆(亦称备馆)为师范科。并附设圣经学校。设讲堂、小教室、斋舍，可容64名学生住宿。还有博物堂一座，神学科以培养中籍牧师、传教士为宗旨，学习神学课程，兼学文化；师范科以培养初级学堂教习为宗旨。附设之圣经学校，学制3年，培训布道员。三十年神学科并入山东基督教共合大学。
圣邻书院位于山东宁阳。清光绪八年(1882)知县陈文显倡捐买王氏旧宅改建。九年增修照壁，补筑院墙，房屋齐备，略具规模。十三年再修。
文美书院位于山东潍县(今潍坊市)。清光绪九年(1883)美国基督教长老会牧师狄乐播建乐道院，创办文华馆。二十一年增设专收女生的文华书院，第一班女生20余人，为山东最早的女子中学。美国人宝安美任校长。在义和团运动时停办。二十八年重修乐道院设文华馆，三十年改名文华书院，美国人卫礼士任校长。宣统三年(1911)改为文华学校。1915年改名文华中学。书院经费主要来自教会拨款。教学内容除基督教《圣经》外，有中国经学和自然科学等。
昌平书院位于山东曲阜。清道光四年(1884)曲阜居民集资，至八年建成，由孔子73代孙衍圣公孔庆熔立碑作记，题额“仙源毓秀”，书院门外两坊，东曰“凤翥”，西曰“麟游”，大门内为仪门，仪门内讲堂名“文在兹堂”。讲堂后为尊经阁，道光十年移孔子像于内。东堂祀文昌帝君。讲堂左右为生徒肄业处。讲堂西有百花厅，厅前有矮石，名“三命石”。讲堂东院有兰熏书室，院中有花有石。招收生徒110人，设山长。有基金1968千文，生息充作经费。光绪二十八年(1902)改为曲阜官立中学堂。1914年后，一直为书院小学，尚存讲堂及东院书室。
正谊书院位于山东德州。清光绪十六年(1890)督粮道与满营捐资合建。专供满族子弟学习。清光绪末年停办，改为劝学所。
崇正书院位于山东兖州。又称西书院。清光绪十六年(1890)滋阳县知县周衍恩创建。又从本县殷实大户中募钱巨万，买口数百亩，以供诸生膏火，余存当生息。
东蒙书院位于山东蒙阴。清光绪十八年(1892)知县陶振宗创建。每月初一、十五开课。二十七年改名蒙阴县校士馆。三十年以后，先后改为蒙阴县师范传习所、自治研究所。
摄西书院位于山东聊城。清光绪二十二年(1896)知县凌芬就义学旧宅改建。二十九年改为小学堂。
德华书院位于山东青岛。清光绪二十四年(1898)德国基督教路德教会传教士昆祚(当时兼任德胶澳总督顾问)创办。最初招生100名，学生来自青岛和山东内地。相当于中学程度，主要培养传教士、洋行买办、教师和翻译人员，课程设置偏重德文和宗教等学科，有中文几何、物理、历史、地理等。毕业生多在德国殖民当局的机关、洋行工作，也有科举成名者。1914年后停办。
礼贤书院位于山东青岛。清光绪十七年(1901)由德国基督教同善会传教士尉礼贤(德名威廉)创办。初时招学生30名，分5班。规定初级部3年，高级部4年，学制7年。入学需经汉语考试。有些课程用德语授课。有3名欧籍教师和5名进士或举人出身的华籍教师任教。搜集形象教具，建立化学和物理室，出版之教材有《德华课本》、《德华练习手册》等。巡抚周馥曾授权该校可派学生参加山东大学堂考试，选拔为优贡或通过考试转到山东大学堂学习。二十八年在校学生达100余人。学生人部分来自山东省，小部分来自外省。其中大都是达官富商子弟。1919年由青岛巨商周缉三和总商会捐助常年经费，易名礼贤商业学校。
灵泉精舍位于山东淄博。清末廩生孙乃坤与同仁陆子敬、许东亭、班质斋、王干卿倡捐筹划创建于岭子镇南青云山。由孙乃坤主教，下设公教4人，学生远近至者50余人。经费除由同仁认捐外，不足部分由学生学费补充，然贫者可免。教学以朱子《小学》、“四书”为根基，然后授以经史。