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孔子与经学最主要的关系莫过于今古文经学家对经学的态度和认知了。这其实也是经学史上的一大悬案。
今文经学家认为六经皆孔子之著作，是孔子的微言大义之所寄，因此他们重在对笔法义理的发幽阐微；而古文经学家则认为孔子乃是述而不作，六经主要是制礼作乐的周公作的。所以他们重在训诂考证，不认为六经是孔子的创作，也没什么实际的微言大义。
大概如此。
但一般都认为六经乃孔子删述而成的。
易经和孔子主要的关系是作彖、象辞及系辞传等十翼。而近人考证的结果却认为孔子参与的实在不多，多是战国以后人（最晚至汉初）的著作。而孔子主要只是「读过」而已，所谓韦编三绝是也。
礼记也是类似的时代所作，周官更可能只是战国的礼制，非周初原式。
而礼记、春秋、易经中常常或不时会出现的夫子曰、君子曰、孔子说，也有人认为是孔子的话语。
至于和孔子关系最不受质疑的则是论语，而也是到了后来才纳入了九经、十三经的系统，在五经博士的时代，论语是不被当作经书来看的。
春秋则一般认为是孔子整理或创作的。主张创作的则主要是说他是笔则笔、削则削，有其春秋书法、笔法、大义在其中，从孟子以来就有此说法，一直影响到后来的宋明理学，乃至维新的今文学家康有为。而主张只是整理的，则认为春秋只是鲁史的编年记载，以王安石的「断烂朝报」说最为响亮。
士冠礼（又名仪礼）主要是认为乃夫子的著作，认为是夫子整理礼仪三百、威仪三千的成果。当然，质疑的声音还是大有人在的。
诗经、尚书则亦主要是孔子整理、删节的本子。比较多的人抱持这样的主张。而尤其这两种著作是孔子以前史料的真实性较为多数人所接受（当然也包括易经的卦爻辞）。
剩下的就是他教出来的学生，或和他有关系的人，如春秋三传中的左传，有人说是孔子的私淑弟子左丘明，也有人认为左氏乃同时人，而友好于夫子。而谷梁、公羊二传则主要是孔子再传弟子的著作，绍述孔子春秋大义者。至于子夏于诗传的成绩，大概也算是孔子和经学的边缘关系吧。....