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印巴两国的积怨可以追溯到1947年。历史上印巴两国曾为一个国家──印度。印度曾长期遭受英国的殖民统治。1947年8月14日，南亚次大陆人民以“非暴力不合作”的形式，终于迫使英殖民者结束了对印度长达195年的殖民统治。就在自由即将降临的时候，英殖民者却炮制了一个残酷分割印度的“蒙巴顿方案”──即“印巴分治方案”。该方案的主要内容是把英属印度按居民的宗教信仰分为印度和巴基斯坦两个自治领。而那条分界线却是由一个丝毫没有次大陆地理知识的名叫萨里尔·拉弟克种夫划出来的。他没有去旁遮普和孟加拉邦作实地考察，手中的笔任意在南亚次大陆的地图上游蛇般地越过沙漠、平原、河流，穿过喜马拉雅山的条条曲径、沟壑绘出了印巴分界地图。这条分界线把农民与土地分开了，把工厂与原材料产地分开了，同时也把印度教徒和 ... 分开了。从此，印巴两国半个多世纪的时断时续的战争噩梦开始了。
纵观印巴两国长达半个多世纪的矛盾纷争，概括起来可分为三个主要方面：即克什米尔问题、恒河河水问题和东巴（今孟加拉国）问题。
一、克什米尔问题
1947年8月14日巴基斯坦自治领宣布成立，领土包括西巴（今巴基斯坦国）和东巴（今孟加拉国）。位于巴基斯坦北部，印度、中国和阿富汗之间、战略位置非常重要的克什米尔地区，有500万人，其中77%是 ... ，20%人口信奉印度教。据“蒙巴顿方案”规定： ... 占多数的地区划归巴基斯坦，但对克什米尔地区的归属规定可由当地人民自由选择。双方争执不下，于1947年10月发生武装冲突。在联合国的干预下，1949年元旦印巴停火，7月划定停火线，印度占据了该地2/3地区和3/4的人口。1965年9月，印度利用该地紧张局势，向巴基斯坦发动武装进攻，遭到巴基斯坦的反击，后通过联合国调解，印巴又宣布停火。
二、恒河河水争端
印巴分治后，恒河上游归印度，下游归东巴，印方不顾巴方反对，在离恒河流入东巴边界20千米处修筑了一座大水坝，使恒河河水的的65%不能流入东巴，严重地影响了农田灌溉和居民用水。印巴双方为此举行过多次会谈，均无结果。
三、东巴问题
巴基斯坦自治领宣布成立时，东巴便是巴基斯坦领土的一部分。长期以来由于东巴是一块和西巴相距几千里之遥而且被印度三面环绕的“飞地”，其内政时常受到印度 ... 的干涉。1971年3月，印度议会通过了印度 ... 提出的关于“声援东孟加拉人民”的提案，公开表示支持东巴基斯坦的分裂活动，公开干涉巴基斯坦的内政。11月出兵进犯东巴，12月又出兵侵略西巴，印巴战争全面爆发。印军很快占领东巴首府达卡，在联合国的斡旋和干预下，印巴双方签定停火协议。后来前苏联在联合国安理会上提出使印度对东巴 ... 占领及其傀儡政权合法化的提案，不久东巴宣布与巴基斯坦脱离关系，成立了独立的孟加拉国。
印巴分治及三次大规模的武装冲突使印巴两国成了敌对国。长期以来，令人遗憾的是两国都没有采取温和、克制的和平方式来化解积怨甚深的矛盾。相反，时至今日，两国仍将国民收入一大部分用于国防和核武器军备竞赛，这不但没有缓和两国之间的矛盾，反而使之愈演愈烈。国际社会对核武器试验的经济制裁，也将会影响到两国的经济发展。